Variant indien : la France séquence-t-elle assez le virus ?

Pour mesurer la progression des différents variants et l’évolution de l’épidémie de coronavirus, les scientifiques s’appuient sur une technique spécifique : le séquençage du virus.  

Par Margot Zaparucha

Rédigé le June 7, 2021 , mis à jour le June 7, 2021

“Le séquençage consiste à déterminer en quelque sorte la carte génétique du virus”, explique le Pr Bruno Lina, virologue à l’hôpital de la Croix Rousse à Lyon. “Ça nous permet d’avoir en temps réel les informations les plus récentes sur la dynamique évolutive du virus, et en particulier d’identifier certains lignages du virus qui présentent des caractéristiques particulières. Les lignages, ce sont les variants.”  

En laboratoire, le process prend 48 à 72 heures. Attention, tous les tests positifs en France ne sont pas séquencés. Les échantillons proviennent le plus souvent soit de clusters à surveiller, soit d’une sélection représentative de la population. Une fois analysés, ils permettent d’évaluer la progression des variants. 

La France en retard ?

Des scientifiques interpellent sur le fait que le dispositif est encore trop peu utilisé en France. Au Danemark, en moyenne 70% des tests positifs sont séquencés. En Allemagne, c’est environ 7%. Mi-mai en France, on en comptait que 4,7%. 

Certains alertent sur le risque d’une quatrième vague si l’on ne multiplie pas dès maintenant les séquençages pour traquer le variant indien. Pour le Pr Philippe Froguel, généticien au CHU de Lille, il faudrait 10 à 15 000 séquençages par semaine pour bien repérer le variant. On en compte 3 à 5000 actuellement.