R effectif, taux d'incidence, taux de positivité ... On vous explique les chiffres de la Covid

Chaque semaine, les autorités sanitaires publient une liste d’indicateurs sur l’épidémie de Covid. Mais que mesurent-ils et à quoi servent-ils ? Les réponses d’un épidémiologiste.

Par Lucile Boutillier

Rédigé le September 28, 2020 , mis à jour le September 28, 2020

Pour la semaine du 14 au 20 septembre, Santé Publique France a publié son bilan : taux d'incidence à 99 cas pour 100 000 habitants, taux de positivité à 6,2%. Le taux de reproduction R, quant à lui, a atteint 1,06. Jonathan Roux, épidémiologiste à l’Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique (EHESP), nous explique ce que mesurent tous ces chiffres parfois obscurs.

Tous ces indicateurs sont calculés à partir des tests PCR réalisés tous les jours. Ils dépendent donc du temps que mettra le laboratoire à produire le résultat du test, un délai qui dépasse souvent les sept jours.

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Taux de positivité

Le 24 septembre, le taux de positivité national s’élève à 7,5%. Cet indicateur mesure le pourcentage de personnes positives à la Covid sur le nombre de personnes testées.

Autrement dit, on peut considérer le pourcentage ainsi obtenu comme celui des personnes contaminées. Le seuil d’alerte est fixé à 10% et 14 départements l’ont dépassé. Comme le montre le graphique de Santé Publique France, il tend à augmenter en ce moment. 

Selon Jonathan Roux, « cette augmentation peut vouloir dire deux choses. Soit les personnes qui se font tester sont davantage positives et le virus circule davantage. Soit on se recentre sur un dépistage plus ciblé et on teste moins les personnes qui n’en avaient pas besoin. »

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Taux de reproduction du virus

Aussi appelé R effectif, cet indicateur désigne simplement le nombre moyen de personnes contaminées par le porteur d’un virus. Si R=3, une personne infectée contamine en moyenne 3 autres personnes. Si R est inférieur à un, c’est que le nombre de cas a diminué au cours de la semaine. Le seuil d’alerte est fixé à 1,5, chiffre franchi par 5 régions.

Le taux de reproduction sert à évaluer la progression ou la régression de l’épidémie. Il est estimé sur les sept derniers jours. La semaine du 14 au 20 septembre, il était de 1,06 au niveau national, « significativement supérieur à 1 » selon Santé Publique France.

Ce chiffre peut paraître dérisoire, mais il faut prendre en compte le nombre de personnes testées positives (11 093 le 24 septembre). Si on le multiplie par le taux de reproduction, on obtient 11 709 contaminations supplémentaires.

« Le R est une moyenne, et en plus une moyenne nationale », précise Jonathan Roux. « Certaines personnes peuvent contaminer davantage. Ensuite, le R peut être sous-estimé car il est calculé sur les tests qu’on a déjà faits, et les résultats mettent du temps à arriver. Plus le délai entre le test et le résultat est long, plus il faut du temps pour consolider les données. »

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Taux d’incidence et R effectif

Le taux d’incidence désigne le nombre de tests PCR positifs pour 100 000 habitants. Il ne montre pas l’évolution de l’épidémie mais l’état de la contamination à un instant T. Le seuil d’alerte est fixé à 50, un palier franchi par 45 départements la semaine du 14 au 20 septembre.

Il est donc possible que le taux de reproduction R soit inférieur à 1 et que le taux d’incidence reste très élevé. Le premier indique la dynamique de l’épidémie durant les 7 derniers jours, tandis que le second montre le nombre de personnes infectées à un moment donné.

Si dans une région où l’on a pratiqué 4 000 tests, 1 000 malades contaminent 1 000 autres personnes, le taux d’incidence sera très élevé. Mais le taux de reproduction R ne sera que de 1.

De la même manière, si dans une région où on a pratiqué 4 000 tests, 50 malades infectent 200 personnes, le taux d’incidence sera beaucoup plus bas, mais le R effectif sera de 4.