Quand les bactéries intestinales permettent de deviner l'âge d'un individu

Dans une étude publiée le 28 décembre 2018 sur bioRxiv, les scientifiques proposent une méthode d'évaluation de l'âge d'une personne basée sur la composition de son microbiote intestinal. Ils ont ainsi pu découvrir quelles bactéries caractérisent le vieillissement.

Par la rédaction d'Allodocteurs.fr

Rédigé le January 14, 2019 , mis à jour le January 14, 2019

Le microbiote intestinal change avec nous. Au moment de la naissance, les premiers micro-organismes colonisent l'intestin. Lors de la lactation, ils sont remplacés par d’autres espèces et au sevrage la flore intestinale se transforme à nouveau. Que se passe-t-il ensuite dans la vie adulte ? Comment le microbiote évolue-t-il au fil des années ? Les chercheurs de la start-up InSilico Medicine du Maryland, tentent de répondre à ces questions en utilisant l'intelligence artificielle.

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Les micro-organismes qui révèlent l'âge

Les chercheurs ont analysé l'ADN du microbiote intestinal de 1165 personnes en bonne santé de différents pays (Autriche, Chine, Danemark, France, Allemagne, Kazakhstan, Espagne, Suède et États-Unis) et âgées de 20 à 90 ans. 

Pour établir une corrélation entre l'âge et le microbiote, les chercheurs ont saisi, dans l'intelligence artificielle, 90% de leurs échantillons (3663 au total, car ils ont utilisé plusieurs échantillons pour chaque individu) et ils les ont utilisés pour entraîner la machine : ils ont donné au programme  l'âge correspondant à l'échantillon, donc au microbiote. Ils ont inséré ensuite les 10% des échantillons restants et  ils ont demandé à la machine quel était l'âge de la personne qui logeait dans chaque microbiote. Cette technique a permis d'identifier l'âge correct avec une marge de seulement 4 ans.

L'étude suggère également que parmi les centaines d'espèces qui peuplent l'intestin humain, il y en a 39, en particulier, qui permettent de prédire l'âge d'un individu. Les scientifiques ont observé que certaines bactéries deviennent plus abondantes avec le vieillissement, comme Eubacterium hallii, qui joue un rôle métabolique important. Les bactéries caractéristiques d'un âge donné ne sont pas nécessairement bénéfiques, telles que Bacteroides vulgatus, associée à la colite ulcéreuse et moins présente avec le vieillissement, et C. Jejuni, un agent pathogène que l'on trouve notamment chez l'enfant.

Les autres facteurs qui influencent la flore intestinale

L'idée des chercheurs est "incroyablement intéressante", selon Robin Knight, directeur du Center for Microbiome Innovation, en Californie. En effet, son groupe de recherche analyse 150 000 échantillons de flore intestinale pour développer un outil de prédiction de l'âge similaire à celui-ci.

Mais il faut rester prudent : les habitudes alimentaires varient énormément d'un pays à l'autre et constituent un facteur fondamental affectant la composition de la flore intestinale. Il suffit de penser que les personnes qui migrent d’Asie vers les États-Unis perdent leur variété microbienne en quelques mois seulement. Pour développer un outil valable, il est indispensable de prendre en compte ces différences.

Les chercheurs considèrent aussi que les différences dans la composition du microbiote pourraient ne pas être dues à l'âge mais à une question générationnelle. Au cours des 50 dernières années, les habitudes de vie et les habitudes alimentaires ont considérablement changé. Un homme de 90 ans n'avait probablement pas la même variété de flore intestinale quand il était jeune qu'un jeune de vingt ans aujourd'hui.

Utiliser le microbiote comme marqueur biologique pour déterminer l'âge peut être utile, mais les études ultérieures visant à développer cet outil devront prendre en compte les nombreuses variables qui, en plus du vieillissement, influencent la composition de la flore intestinale.

Par la rédaction d'Allodocteurs.fr